L'attività di ricerca della Prof.ssa Daidone è focalizzata sullo studio di proprietà termodinamiche, cinetiche ed elettroniche di sistemi molecolari e macromolecolari con metodi teorico-computazionali basati sulla meccanica classica e metodi misti classico/quantistici. Il suo lavoro di ricerca consiste sia nello sviluppo che nell'applicazione di metodi di simulazione per la comprensione e la predizione di proprietà macroscopiche di sistemi complessi, quali le biomolecole e i sistemi supramolecolari in soluzione.